A finales de 2004, la UPM decide acometer la falta de recursos de cómputo disponibles para los investigadores. El resultado de esta iniciativa es el pistoletazo de inicio de lo que se convertiría en el CeSViMa:
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2004
Acuerdo entre IBM and UPM firmado por Amparo Moraleda (Presidenta de IBM España y Portugal) y Javier Uceda (Rector de la UPM) en Julio de 2005.
En la segunda fila, de izquierda a derecha: Franciso Javier Segovia (Decano de la Facultad de Informática, UPM), Pedro de Miguel (Director del CeSViMa), Juan A. Zufiría (Director General de Servicios Globales IBM España y Portugal), Gonzalo León (Vice-rector de Investigación, UPM) y Francesc Subirada (Director asociado BSC-CNS)
Los recursos computacionales se instalaron en el centro fruto del acuerdo entre IBM y UPM a mediados de 2005. La máquina se denominó Magerit: el nombre más antiguo registrado para la actual ciudad de Madrid.
La infraestructura inicial se completa con un sistema de visualización avanzada interactiva y un escáner terrestre.
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2007
En marzo de 2007 se crea la Red Española de Supercomputación auspiciada por el Ministerio de Educación y Ciencia. El CeSViMa, junto al BSC, entra a formar parte de esta red y se decide ampliar el supercomputador disponible, que pasa a ser el segundo supercomputador de España.
En el mismo mes de marzo se admiten los primeros usuarios de la RES en pruebas y en Junio la nueva configuración está completamente operativa admitiendo el primer grupo de usuarios RES.
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2008
Durante el mes de mayo del año siguiente, el CeSViMa se translada a un nuevo edificio en el recién creado Campus de Excelencia Internacional de Montegancedo, una de las ubicaciones del Parque Científico-Tecnológico de la UPM.
Coincidiendo con esta migración, se realiza una pequeña actualización en Magerit alcanzando los 16 TFLOPs. Tras esta actualización, los investigadores UPM tiene acceso al 40% de los recursos computacionales disponibles.
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2009
A partir de 2009, el CeSViMa se une a la Red de e-Ciencia Española y a la Red de Laboratorios e Infraestructuras de la Comunidad de Madrid.
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2011
Montaje del Supercomputador Magerit
Sin embargo, el punto de inflexión se produce en el año 2011: una actualización completa del supercomputador Magerit fruto de un acuerdo entre el Ministerio de Innovación, IBM y UPM. Esta nueva configuración alcanza el primer puesto en la lista española tanto en el TOP500 como en el GREEN500.
El nuevo Magerit se instala mientras que el viejo aún están en producción sin parar el servicio. Los primeros componentes llegaron al CeSViMa a finales de Marzo y los primeros usuarios en pruebas accedieron en Junio. El sistema estába completamente operativo para el segundo periodo del año (que se inicia en Julio). Todo el proceso duró apenas dos meses y uno de ellos se utilizó para realizar la prueba LINPACK.
A pesar de los grandes cambios tanto en tecnología como infraestructura, la migración fué casi transparente para los usuarios: la gran mayoría simplemente ejecutaron sin problemas mientras que unos pocos necesitaron alguna pequeña adaptación a la nueva configuración.
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2013
El CeSViMa entra en una fase de diversificación de servicios. En este año se actualiza el subsistema de almacenamiento flexibilizandolo para permitir su uso compartido en el nuevo catálogo de servicios que se desarrolla.
También se realiza una pequeña adición al supercomputador Magerit incorporando por primera vez nodos con una arquitectura diferente con el objetivo de proporcionar soporte a ciertas demandas que no podían ser cubiertas con anterioridad.
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2015
En el I Consejo de la Red Española de Supercomputación (RES) se aprueba la incorporación de 5 nuevos miembros (alcanzando los 13 miembros con 15 supercomputadores) y un nuevo convenio multilateral de colaboración.
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2016
El CeSViMa pasa a depender organizativamente del Vicerrectorado de Servicios Tecnológicos de la UPM integrándose en su infraestructura.
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2019
Tras 12 años se causa baja de la RES. Simultáneamente se procede a la actualización de la infraestructura con la tercera versión del supercomputador Magerit.