HPC - Computación de alto rendimiento

Magerit-2

Hardware

Magerit es un cluster compuesto por nodos Power7, Intel Xeon, e incluso, nodos con características especiales (coprocesadores, aceleradores). Esto nos permite  poder proporcionar la insfraestructura más adecuada para cada necesidad de cúmputo de alto rendimiento.

  • Arquitectura Power7

    Arquitectura POWER
    Tiempo de espera alto
    # Procesadores: 3.920  cores
    Memoria: 7.840  GB
    Potencia: 103,50  TFLOPS Rpeak
      72,03  TFLOPS Rmax

    Magerit está compuesto por 245 nodos eServer BladeCenter PS702 cada uno de los cuales dispone de 2 procesadores Power7 de 8 cores a 3'3 GHz (422,4 GFlops) y con 32 GB de RAM. Los nodos están interconectados con una red Infiniband DDR.

    Se utiliza un sistema operativo SLES11 SP1 con OpenMPI 1.6.3 sobre Infiniband para paso de mensajes.

    El uso principal de estos nodos es computación intensiva de altas prestaciones. Proporcionan la mejor relación de potencia y permiten ejecuciones de miles de procesos en paralelo.

  • Arquitectura Intel

    Arquitectura Intel
    Tiempo de espera bajo
    # Procesadores: 656  cores
    Memoria: 2.624  GB
    Potencia: 13,64  TFLOPS Rpeak
      12,69  TFLOPS Rmax

    Magerit dispone de 41 nodos con 2 procesadores Intel Xeon E5-2670 de 8 cores a 2.6GHz (332 GFlops) y con 64 GB de RAM. Los nodos están interconectados con una red Infiniband QDR.

    Los nodos utilizan un sistema operativo SLES11 SP3 con OpenMPI 1.6.5 sobre Infiniband para paso de mensajes.

    Estos nodos están previstos para cubrir aquellos casos en los que no es posible utilizar la arquitectura POWER.

  • Nodos de Cómputo Fat

    Arquitectura Intel-Fat
    Tiempo de espera bajo
    # Procesadores: 48  cores
    Memoria: 768  GB
    Potencia: 1,00  TFLOPS Rpeak
      0,93  TFLOPS Rmax

    Por último, se tienen disponibles 3 nodos con 2 procesadores Intel Xeon E5-2670 de 8 cores y a 2.6GHz (332 GFlops) con 256GB de RAM. Dos de estos nodos disponen de coprocesador Intel Xeon Phi 5110P. El tercero dispone de una GPU Tesla K20X.

    Estos nodos utilizan sistema operativo SLES11 SP3 con OpenMPI 1.6.5 sobre Infiniband para paso de mensajes, y están destinados a aquellos proyectos que tengan necesidades especiales de memoria o uso de aceleradores.

Toda esta infraestructura de computación tiene acceso al sistema de almacenamiento, permitiendo procesar grandes volúmenes de datos. En el manual de usuario se dispone de una descripción detallada del sistema y su utilización.

El sistema basado en arquitectura Power7 fue en JUN/2011 el supercomputador más potente de España. En la actualidad sigue siendo el supercomputador más potente de España en este tipo de arquitectura.

Software

Tanto para la arquitectura Power como Intel se dispone de una amplia plataforma software, que día a día se amplía. Si necesita un software que no aparece en la relación adjunta, solicítelo al Centro de Atención a Usuarios (CAU) y se analizará la viabilidad de su implantación.

Dentro del catálogo existe software que necesita licencia o es un producto comercializado. Todo grupo de investigación que necesite acceder a este tipo de software o requiera se instale uno nuevo, deberá acreditar que dispone de licencia que le autoriza para su instalación en las infraestructuras del CeSViMa.

ABINIT

POWER

6.12.2-gnu64-4.4

ABYSS

POWER

1.3.3-gnu64-4.4

1.3.2-gnu64-4.4

AMBER

POWER

amber11-gnu64-4.4

amber10-gnu64-4.4

ATLAS

POWER

3.10.1-gnu64-4.3

3.8.4-gnu64-4.3

AUTODOCK

POWER

4.2.5.1-gnu64-4.4

AUTODOCK-VINA

POWER

1.1.2-2-gnu64-4.4

BLACS

POWER

1.1-gn64-4.4

BLAS

POWER

lib

BLAST

POWER

2.2.25-gnu64-4.4

BOOST

POWER

1_49_0-gnu64-4.3

1_47_0-gnu64-4.3

CFITSIO

POWER

cfitsio-3.300-gnu64-4.4

CINT

Intel

5.18.00-gnu64-4.7

CLHEP

POWER

2.1.2.5-gnu64-4.3

2.1.1.0-gnu64-4.3

Intel

2.1.2.5-gnu64-4.7

2.1.1.0-gnu64-4.7

COMSOL

Intel

comsol43

CP2K

POWER

2012-03-02-gnu64-4.4

cp2k-2.5.1-gnu64-4.4

cp2k-2.1.397-gnu64-4.4

CPMD

POWER

3.15.1-gnu64-4.4

CRYSTAL

POWER

09-gnu64-4.4

DLR-TAU

POWER

2013.1-gnu64-4.4

2011.1-gnu64-4.4

FFTW

POWER

3.3.4-gnu64-4.4

3.3.3-gnu64-4.4

3.3-gnu64-4.4

2.1.5-gnu64-4.4

FHI-AIMS

POWER

081213-gnu64-4.7

GA

POWER

5.1-gnu64-4.4

GADGET2

POWER

2.0.7-gnu64-4.4

GAMESS

POWER

gamess-MAY-2013

Intel

gamess-MAY-2013

GAMS

Intel

gams24.2_linux_x64_64_sfx

GATE

Intel

gate_v6.2-gnu64-4.7

GDAL

POWER

1.9.0-gnu64-4.4

GEANT

Intel

geant4.9.5.p01-gnu64-4.7

GOTOBLAS2

POWER

1.13-gnu64-4.4

GROMACS

POWER

4.5.5-gnu64-4.4

4.5.5.DOUBLE-gnu64-4.4

4.5.5.PLUMED-gnu64-4.4

4.5.5.DOUBLE.PLUMED-gnu64-4.4

GSL

POWER

1.15-gnu64-4.4

1.14-gnu64-4.4

HDF5

POWER

1.8.6-gnu64-4.4

1.8.6-gnu64-4.4-API-V16

HEALPIX

POWER

Healpix_3.11-gnu64-4.7

Healpix_2.20a-gnu64-4.4

HWLOC

POWER

hwloc-1.5.1

hwloc-1.5.1-kernel-3.0.13

Intel

svn-5817-gnu64-4.7

hwloc-1.9

INELASTICA

POWER

1.1

INTERPROSCAN

Intel

interproscan-5-44.0

interproscan-5.2-45.0

LAMMPS

POWER

lammps-24Apr13

lammps-5Mar12

lammps-1Feb14

LAPACK

POWER

3.5.0-gnu64-4.4

3.4.2-gnu64-4.7

3.4.2-gnu64-4.4

3.3.1-gnu64-4.4

3.3.1-xlf-13.1

Intel

3.3.1-gnu64-4.7

LIBINT

POWER

2.0.3-gnu64-4.7

1.1.5-gnu64-4.7

1.1.4-gnu64-4.4

MODELLER

POWER

9.11-gnu64-4.4

MUMPS

POWER

4.10.0-gn64-4.4

NAMD

POWER

2.9b3-gnu64-4.4

2.9-gnu64-4.4

2.8-gnu64-4.4

NETCDF

POWER

4.1.3-gnu64-4.4

NWCHEM

POWER

6.3.revision2-src.2013-10-17

6.1

OCTAVE

POWER

3.8.1-gnu64-4.4-GraphicsMagick

3.6.2-gnu64-4.4-GraphicsMagick

3.6.2-gnu64-4.4-ImageMagick

3.6.2-gnu64-4.3

3.6.2-gnu64-4.3-GraphicsMagick

3.6.2-gnu64-4.3-ImageMagick

Intel

3.8.1-gnu64-4.7-GraphicsMagick

3.8.1-gnu64-4.3

3.8.1-gnu64-4.3-GraphicsMagick

3.6.4-gnu64-4.7

OPENMX

POWER

3.7.8-gnu64-4.7

3.7.8-gnu64-4.4

3.6.1-gnu64-4.4

3.5.1-gnu64-4.4

Intel

3.7.8-intel64

OpenBUGS

Intel

3.2.2-gnu64-4.3

PETSC

POWER

3.3-p6-gnu64-4.4

2.3.3-p15-gnu64-4.4

PFFT

POWER

1.0.7-gnu64-4.3

PNFFT

POWER

1.0.6-gnu64-4.3

PYTHON

POWER

2.7.8

Quantum-ESPRESSO

POWER

5.0.3-gnu64-4.4

5.0.2-gnu64-4.4

R-project

POWER

3.0.2-gnu64-4.4

2.15.3-gnu64-4.4

2.14.1-gnu64-4.4

Intel

3.0.2-gnu64-4.7

3.0.2-gnu64-4.3

3.0.2-gnu32-4.3

ROOT

Intel

5.34-gnu64-4.7

SCALAPACK

POWER

2.0.2-gnu64-4.4

2.0.1-gnu64-4.4

2.0.1-xlf-13.1

SCOTCH

POWER

6.0.0-gnu64-4.4

6.0.0_esmumps-gnu64-4.4

SIESTA

POWER

3.1-gnu64-4.4

SILVACO

Intel

2012

SPARSEKIT

POWER

sparsekit

STARCCM

Intel

9.02.007

TAU-PS

POWER

2.22.2-gnu64-4.4

VASP

POWER

5.3.5-gnu64-4.4

5.3.3-29ENE2013-gnu64-4.4

5.3.2-gnu64-4.4

5.2.12-11NOV2011-gnu64-4.4

5.2.12-gnu64-4.4

4.6.28-gnu64-4-4

XFLOW

Intel

2013

JoomShaper