HPC - Computación de alto rendimiento

Magerit-2

Magerit es un cluster compuesto por nodos Power7, Intel Xeon e, incluso, nodos con características especiales (coprocesadores, aceleradores). Esto permite proporcionar la insfraestructura más adecuada a cada necesidad de cómputo de alto rendimiento.

  • Arquitectura Power7

    Arquitectura POWER
     Tiempo de espera muy alto 
    # Procesadores: 3.920  cores
    Memoria: 7.840  GB
    Potencia: 103,50  TFLOPS Rpeak
      72,03  TFLOPS Rmax

    Magerit está compuesto por 245 nodos eServer BladeCenter PS702 cada uno de los cuales dispone de 2 procesadores Power7 de 8 cores a 3'3 GHz (422,4 GFlops) y con 32 GB de RAM. Los nodos están interconectados con una red Infiniband DDR.

    Se utiliza un sistema operativo SLES11 SP1 con OpenMPI 1.6.3 sobre Infiniband para paso de mensajes.

    El uso principal de estos nodos es computación intensiva de altas prestaciones. Proporcionan la mejor relación de potencia y permiten ejecuciones de miles de procesos en paralelo.

  • Arquitectura Intel

    Arquitectura Intel
     Tiempo de espera bajo 
    # Procesadores: 656  cores
    Memoria: 2.624  GB
    Potencia: 13,64  TFLOPS Rpeak
      12,69  TFLOPS Rmax

    Magerit dispone de 41 nodos con 2 procesadores Intel Xeon E5-2670 de 8 cores a 2.6 GHz (332 GFlops) y con 64 GB de RAM. Los nodos están interconectados con una red Infiniband QDR.

    Los nodos utilizan un sistema operativo SLES11 SP3 con OpenMPI 1.6.5 sobre Infiniband para paso de mensajes.

    Estos nodos están previstos para cubrir aquellos casos en los que no es posible utilizar la arquitectura POWER.

Toda esta infraestructura de computación tiene acceso al sistema de almacenamiento, permitiendo procesar grandes volúmenes de datos. En el manual de usuario se dispone de una descripción detallada del sistema y su utilización.

El sistema basado en arquitectura Power7 fue, en junio de 2011, el supercomputador más potente de España. En la actualidad sigue siendo uno de los supercomputadores de propósito general más potentes de España.

Software

Tanto para la arquitectura Power como Intel se dispone de una amplia plataforma software, que día a día se amplía. Si necesita un software que no aparece en la relación adjunta, solicítelo al Centro de Atención a Usuarios (CAU) y se analizará la viabilidad de su implantación.

Dentro del catálogo existe software que necesita licencia o es un producto comercializado. Todo grupo de investigación que necesite acceder a este tipo de software o requiera se instale uno nuevo, deberá acreditar que dispone de licencia que le autoriza para su instalación en las infraestructuras del CeSViMa.

ABINIT

POWER

6.12.2-gnu64-4.7

6.12.2-gnu64-4.4

ABYSS

POWER

1.3.3-gnu64-4.4

1.3.3-gnu64-4.3

1.3.2-gnu64-4.4

AMBER

POWER

amber14-gnu64-4.7

amber11-gnu64-4.4

amber11-gnu64-4.3

amber10-gnu64-4.4

ATLAS

POWER

3.10.2-gnu64-4.3

3.10.1-gnu64-4.7

3.10.1-gnu64-4.3

3.8.4-gnu64-4.3

AUTODOCK

POWER

4.2.6-gnu64-4.7

4.2.6-gnu64-4.7

4.2.5.1-gnu64-4.7

4.2.5.1-gnu64-4.4

AUTODOCK-VINA

POWER

1.1.2-2-gnu64-4.4

1.1.2-2-gnu64-4.3

BLACS

POWER

1.1-gnu64-4.7

1.1-gn64-4.4

Intel

1.1

BLAS

POWER

lib

lib

Intel

lib

BLAST

POWER

2.2.29-gnu64-4.7

2.2.25-gnu64-4.4

ncbi-blast-2.2.29-gnu64-4.7

BOOST

POWER

1_58_0-gnu64-4.7

1_49_0-gnu64-4.7

1_49_0-gnu64-4.3

1_49_0-gnu64-4.3

1_47_0-gnu64-4.3

Intel

1_58_0

1_49_0

CAFFE

Intel

2015.05.11-23.34.33

2015.05.11-23.34.33-CUDA

1970.01.01-00.00.00

CFITSIO

POWER

3.370-gnu64-4.7

3.370-gnu64-4.7

cfitsio-3.300-gnu64-4.3

CINT

Intel

5.18.00-gnu64-4.7

CLAPACK

POWER

3.2.1-gnu64-4.4

CLHEP

POWER

2.2.0.3-gnu64-4.7

2.2.0.3-gnu64-4.7

2.1.2.5-gnu64-4.3

2.1.1.0-gnu64-4.3

Intel

2.1.2.5-gnu64-4.7

2.1.1.0-gnu64-4.7

COMSOL

Intel

comsol43

CP2K

POWER

2014-09-19-gnu64-4.7

2012-03-02-gnu64-4.4

cp2k-2.5.1-gnu64-4.7

cp2k-2.5.1-gnu64-4.4

cp2k-2.1.397-gnu64-4.4

CPMD

POWER

3.17.1-gnu64-4.3

3.17.1-gnu64-4.3

3.15.1-gnu64-4.4

3.15.1-gnu64-4.3

CRYSTAL

POWER

14

09-gnu64-4.4

09-gnu64-4.3

CUDNN

Intel

6.5-v2

6.5-v1

DLR-TAU

POWER

2013.1-gnu64-4.4

2013.1-gnu64-4.3

2011.1-gnu64-4.4

Intel

2013.1

FFTW

POWER

3.3.4-gnu64-4.7

3.3.4-gnu64-4.4

3.3.3-gnu64-4.4

3.3-gnu64-4.4

2.1.5-gnu64-4.4

Intel

3.3.4

FHI-AIMS

POWER

081213-gnu64-4.7

081213-gnu64-4.7

FREESURFER

Intel

5.3.0

FSL

Intel

fsl-5.0.8-gnu64-4.3

GA

POWER

5.1-gnu64-4.4

GADGET2

POWER

2.0.7-gnu64-4.4

GAMESS

POWER

gamess-MAY-2013

Intel

gamess-MAY-2013

GAMS

Intel

gams24.2_linux_x64_64_sfx

GATE

Intel

gate_v6.2-gnu64-4.7

GDAL

POWER

1.9.0-gnu64-4.4

GEANT

Intel

geant4.9.5.p01-gnu64-4.7

GOTOBLAS2

POWER

1.13-gnu64-4.4

GROMACS

POWER

5.0.4-gnu64-4.7

5.0.4-DOUBLE-gnu64-4.7

5.0.4.DOUBLE.PLUMED-2.1.1-gnu64-4.7

5.0.2-gnu64-4.7

5.0.2-DOUBLE-gnu64-4.7

4.6.5-gnu64-4.7

4.6.5-DOUBLE-gnu64-4.7

4.5.5-gnu64-4.4

4.5.5.DOUBLE-gnu64-4.4

4.5.5.PLUMED-gnu64-4.4

4.5.5.DOUBLE.PLUMED-gnu64-4.7

4.5.5.DOUBLE.PLUMED-gnu64-4.4

GSL

POWER

1.16-gnu64-4.4

1.15-gnu64-4.4

1.14-gnu64-4.4

Intel

1.16-gnu64-4.7

1.15-gnu64-4.7

HDF5

POWER

1.8.13-gnu64-4.7

1.8.13-gnu64-4.7

1.8.13-gnu64-4.7-API-V16

1.8.13-gnu64-4.7-API-V16

1.8.6-gnu64-4.4

1.8.6-gnu64-4.4-API-V16

Intel

1.8.13-gnu64-4.7

1.8.13-gnu64-4.7-API-V16

HEALPIX

POWER

Healpix_3.11-gnu64-4.7

Healpix_2.20a-gnu64-4.4

HWLOC

POWER

hwloc-1.5.1

hwloc-1.5.1-kernel-3.0.13

Intel

svn-5817-gnu64-4.7

hwloc-1.9

HYPRE

Intel

2.10.0b

INTERPROSCAN

Intel

interproscan-5-44.0

interproscan-5.2-45.0

ITK

Intel

4.7.2-gcc64-4.3

4.6.0-gcc64-4.3

LAMMPS

POWER

lammps-28Jun14

lammps-28Jun14

lammps-24Apr13

lammps-9Dec14

lammps-5Mar12

lammps-1Feb14

LAPACK

POWER

3.5.0-gnu64-4.7

3.5.0-gnu64-4.4

3.4.2-gnu64-4.7

3.4.2-gnu64-4.4

3.3.1-gnu64-4.4

3.3.1-xlf-13.1

Intel

3.5.0

3.3.1

LIBINT

POWER

2.0.3-gnu64-4.7

2.0.3-gnu64-4.7

1.1.5-gnu64-4.7

1.1.5-gnu64-4.7

1.1.4-gnu64-4.4

LIBLINEAR

Intel

1.96

LIBSVM

Intel

3.20

METIS

Intel

METIS-5.1.0

PARMETIS-4.0.3

MUMPS

POWER

4.10.0-gnu64-4.4

Intel

5.0.0

4.10.0

NAMD

POWER

2.10b1-gnu64-4.3

2.10b1-gnu64-4.3

2.10-gnu64-4.3

2.9b3-gnu64-4.4

2.9-gnu64-4.4

2.9-gnu64-4.4

2.9-PLUMED-2.1.1-gnu64-4.4

2.8-gnu64-4.4

NEKTAR++

Intel

4.0.1

4.0.1+MKL

NETCDF

POWER

4.3.2-gnu64-4.7

4.3.2-gnu64-4.7

4.1.3-gnu64-4.7

4.1.3-gnu64-4.4

Intel

4.3.2

NWCHEM

POWER

6.3.revision2-src.2013-10-17

6.1

OCTAVE

POWER

3.8.1-gnu64-4.4-GraphicsMagick

3.6.2-gnu64-4.4-ImageMagick

3.6.2-gnu64-4.4-GraphicsMagick

3.6.2-gnu64-4.3

3.6.2-gnu64-4.3-ImageMagick

3.6.2-gnu64-4.3-GraphicsMagick

Intel

3.8.1-gnu64-4.7-GraphicsMagick

3.8.1-gnu64-4.3

3.8.1-gnu64-4.3-GraphicsMagick

3.6.4-gnu64-4.7

OPENCV

Intel

2.4.10

2.4.10-QT

OPENFOAM

POWER

2.4.0

2.3.1

2.2.2

Intel

2.3.1

2.2.2

OPENGV

Intel

2014.11.19-22.18.53

OPENMX

POWER

3.7.8-gnu64-4.7

3.7.8-gnu64-4.7

3.7.8-gnu64-4.4

3.6.1-gnu64-4.4

3.5.1-gnu64-4.4

Intel

3.7.8-intel64

OpenBUGS

Intel

3.2.3-gnu64-4.3

3.2.2-gnu64-4.3

PETSC

POWER

3.5.2-gnu64-4.7

3.5.2-gnu64-4.7

3.3-p6-gnu64-4.7

3.3-p6-gnu64-4.4

3.3-p6-gnu64-4.3

3.0.0-p12-gnu64-4.7

3.0.0-p12-gnu64-4.7

2.3.3-p16-gnu64-4.3

2.3.3-p15-gnu64-4.4

Intel

3.6.0

3.5.2

PFFT

POWER

1.0.7-gnu64-4.7

1.0.7-gnu64-4.3

PLUMED

POWER

2.1.1-gnu64-4.7

2.1.0-gnu64-4.7

2.1.0-gnu64-4.7

2.0.4-gnu64-4.7

2.0.4-gnu64-4.7

PNFFT

POWER

1.0.6-gnu64-4.7

1.0.6-gnu64-4.3

PYFOAM

POWER

0.6.5

Quantum-ESPRESSO

POWER

5.1-gnu64-4.7

5.1-gnu64-4.7

5.0.3-gnu64-4.7

5.0.3-gnu64-4.4

5.0.2-gnu64-4.4

R-project

POWER

3.1.1-gnu64-4.3

3.0.2-gnu64-4.4

2.15.3-gnu64-4.4

2.14.1-gnu64-4.4

Intel

3.1.1-gnu64-4.7

3.0.2-gnu64-4.7

3.0.2-gnu64-4.3

ROOT

Intel

5.34-gnu64-4.7

SCALAPACK

POWER

2.0.2-gnu64-4.7

2.0.2-gnu64-4.4

2.0.1-gnu64-4.4

2.0.1-xlf-13.1

Intel

2.0.2

SCOTCH

POWER

6.0.0-gnu64-4.4

6.0.0_esmumps-gnu64-4.4

Intel

6.0.0-x86-64

6.0.0_esmumps-x86-64

SIESTA

POWER

3.2-pl-5-gnu64-4.7

3.2-gnu64-4.7

3.1-gnu64-4.4

Intel

3.2-pl-5

SILVACO

Intel

2012

SLEPC

Intel

3.6.0

3.5.3

SPARSEKIT

POWER

sparsekit

SPGLIB

POWER

1.7.3-PRE-gnu64-4.7

0.7.1-gnu64-4.4

SPM

Intel

spm12

STARCCM

Intel

10.04.009

10.02.012

9.06.009

9.02.007

T-COFFEE

POWER

11.00.8cbe486

TAU-PS

POWER

2.22.2-gnu64-4.4

TORCH

Intel

2015.05.05-18.17.14

TRICUBIC

POWER

1.0-gnu64-4.4

VASP

POWER

5.4.1-gnu64-4.3

5.3.5-gnu64-4.7

5.3.5-gnu64-4.4

5.3.3-29ENE2013-gnu64-4.4

5.3.2-gnu64-4.4

5.2.12-11NOV2011-gnu64-4.4

5.2.12-gnu64-4.4

4.6.28-gnu64-4-4

VLFEAT

Intel

0.9.20

VORO++

POWER

0.4.6-gnu64-4.7

Intel

0.4.6-gnu64-4.7

WRF

POWER

3.7

XFLOW

Intel

2014

2013

JoomShaper