Dado que los objetivos son proporcionar servicios a la comunidad científica, administración y empresas, la estructura está abierta para facilitar la incorporación de distintos grupos que requieran de sus servicios.

Estructura organizativa. Organigrama esquemático de la organización del CeSViMa.
Director
Es el encargado de coordinar toda la activad del centro. Responsable de definir la estrategia científica y de servicios del centro, asistido por el resto de miembros de dirección.
Subdirección de Relaciones Institucionales
Encargada de la relación con los usuarios, otros centros y grupos dentro de la UPM.
Subdirección Científica
Apoyo en definición de la estrategia científica y de investigación del centro, así como la articulación de la misma.
Subdirección Técnica
Encargada de los aspectos operativos, técnicos y de administración de los recursos computacionales del centro.
Subdirección de Gestión I+D
Coordinación de los servicios de gestión para la participación en propuestas de programas regionales, nacionales e internacionales.
Centro de Supercomputación y Visualización de Madrid.